Todos os
iPods podem funcionar como um dispositivo de
armazenamento de arquivos. Se o
iPod é formatado em um computador
Mac OS X ele se utiliza do sistema de formatação
HFS Plus. Se é formatado em
Windows, o formato
FAT 32 é utilizado, uma vez que o Windows não pode acessar arquivos formatados em sistema HFS. O
iPod clássico (
iPod 1G) era compatível apenas com a plataforma Macintosh, operando
Mac OS 9 ou
Mac OS x. Porém em 17 de julho de 2002 a
Apple disponibilizou no mercado um
iPod compatível com o
Windows. Diferentemente de Players de audio digital compatíveis com
UMS/
MTP, a simples ação de copiar os arquivos para o drive não possibilitava ao
iPod acessar perfeitamente os arquivos. Então, em 16 de outubro de 2003 a
Apple lançou uma versão para
Windows do
iTunes. Antes disso para conseguir efetuar a transferência dos arquivos e tornar possível o seu usufruto (ou seja, permitir que o usuário pudesse acessar perfeitamente os arquivos de video e de audio), o usuário devia se utilizar de programas de terceiros como o
MusicMatch Jukebox,
ephPod ou
Xplay para gerenciar os arquivos de media em seu
iPod.
Um
iPod formatado com
HFS Plus é capaz de ser utilizado como um
disco de boot para um computador
Mac, permitindo ao usuário ter um sistema operacional portátil instalado. Os
iPods mais antigos com portas
FireWire podiam alternativamente funcionar em
Modo de Disco FireWire. Com o advento do
iPod compatível com
Windows, o padrão do
iPod passou de
HFS Plus para
FAT32, pois o
Windows não reconhece
HFS Plus, contrastando com o
Mac, que é capaz de ler
FAT32. Mas o
iPod pode ser reformatado paa o
HFS Plus (com exceção do
iPod Shuffle, o qual é estritamente
FAT32).
O
iTunes não pode transferir músicas e vídeos de um dispositivo para o computador (apesar do iTunes 7 permitir para músicas que são adquiridas online). Os arquivos de mídia são armazenados em uma pasta escondida no
iPod, junto com um arquivo de banco de dados. No entanto, o conteúdo escondido pode ser acessado do sistema operacional do servidor através da habilitação da opção
Mostrar arquivos escondidos. O
audio pode ser recuperado manualmente, bastando arrastar os arquivos ou pastas dentro da biblioteca do
iTunes, ou então através de programas de terceiros.
Nas versões mais recentes do
iTunes, os arquivos eram copiados para essas pastas escondidas com seus nomes originais. Em versões anteriores, os arquivos eram copiados usando nomes de
4 caracteres aleatórios (como ABCD.mp3) para dificultar a procura por determinados arquivos e a retirada desses arquivos das pastas escondidas. Essa adversidade pode ser solucionada através da utilização de um aplicativo que possa ler as tags dos arquivos diretamente copiando os nomes dos arquivos correspondente a determinada tag. Outra possível solução é a utilização de programas de terceiros que são capazes de ler o formato do banco de dados do
iPod, e copiar o arquivo desejado, uma vez que o banco de dados do
iPod liga os nomes aleatórios aos títulos, artistas e outras informações do arquivo.
